统一文献池与主题池¶
一个研究问题 = 一个长期主题。 文献增加时已有主题持续演化，而不是每批新文献各生成一套。
候选主题可以自动补充、修正、合并、拆分；正式主题不自动覆盖；人不逐卡、逐次审批。
怎么用¶
跟 agent 说「看看能聚出哪些主题」或「主题池现在什么样」。自己敲的话：
uv run hydrolitagent cards themes-run --json # 生成 / 更新候选主题
uv run hydrolitagent cards themes-run --dry-run --json # 只预览：不扫 Zotero、不写文件、不调模型
uv run hydrolitagent cards themes-run --migrate-only --json # 只把已有旧成果接进统一池
阅读入口是 themes/index.md —— 当前候选、历史主题与版本都在那里。进入某个主题后，
日常主要看精读回填的 revised.md，不必从文件夹猜最新版。
产物长什么样¶
themes/
index.md 给人看的总入口：当前候选、历史主题与版本链接
_registry.json 稳定编号、当前版本、历史版本、合并/拆分关系
candidates/TH-编号/versions/CHANGE-编号/
initial.md / revised.md 初版与精读回填结果
plan.json / manifest.json 变更类型、理由、父主题与来源引用
changes/CHANGE-编号/ 一次处理的输入、规划与提交记录
evidence-packs/…/readings/ 独立保存的精读结果（主题只引用，不复制）
怎么看产出：卡片与主题都是带
[[双向链接]]的 Markdown —— 用 Obsidian 把产物目录（证据卡/、主题/，落点由paths.artifact_root决定） 当 vault 打开，就能沿链接读、按目录导航。今天就能这样用。另一件尚未实现的事：让平台受控地搜索 / 写入你的 Obsidian（Vault 接入选型见 项目级设计）。两件事别混。
边界¶
- 正式主题不能被自动改写：候选必须由人确认才能转正式；
themes-run只产出候选，不自动晋级。 专用确认入口尚未实现 —— 现在没有把候选转正式的命令，别去找它、也别手改注册表来「模拟确认」。 - 不要手改索引或注册表 —— 手改会被判为冲突，程序保留现场而不覆盖。
- 目录里出现半成品不代表它已成为当前主题。
- 精读适用时复用：换批次不构成重读原始 PDF 的理由。
- 主题只引用证据包，不复制论文或粗卡。
- 输入指纹变化只说明「有新输入」，不限制跨批次关联。
- 当前面向小样本文献库；大规模上下文的检索/压缩尚未实现。